Nach neun Tagen in Schloss Hartheim wurde er nach Ybbs zurückversetzt und kurz darauf, am 6. Februar 1941, zur Wehrmacht eingezogen. Er überlebte den Krieg und arbeitete im Anschluss wieder in seinem Beruf als Pfleger. 1967 wurde er pensioniert und als er am 19.11.1980 starb, hatte er bis dahin kein Wort über seine Geschichte verloren. Selbst seine Kinder wussten nichts über sein mutiges Handeln während der NS-Zeit.

Die Geschichte Franz Sitters wurde erst nach seinem Tod (19.11.1980) bekannt, als Historiker auf Akten der Täter der NS-Tötungsanstalt Schloss Hartheim stießen. So habe Rudolf Lonauer, der ärztliche Leiter von Hartheim, noch versucht, ihm die Versetzung auszureden. Franz Sitter machte allerdings deutlich, dass er die Geschehnisse in Hartheim nicht mit seinem Gewissen vereinbaren könne und bestand trotz der Gefahr, von der Gestapo verfolgt oder selbst im KZ zu enden, auf seine Rückversetzung.