Als eine der ersten Fachhochschulen hat die FH Münster ein Promotionskolleg eingerichtet. Hervorragende Studierende erhalten die Möglichkeit, in einem dreijährigen Programm ihr Promotionsvorhaben zu verwirklichen und sich gleichzeitig für einen nachfolgenden Karriereweg in Wirtschaft oder Wissenschaft zu qualifizieren. Die Fachhochschule kooperiert dabei mit in- und ausländischen Universitäten.